早期生涯／名古屋鯨鱼
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早在小學二年級時，本田就在攝津市當地的一支本土球隊攝津FC踢球[8]。升入中學後，他加入了大阪飛腳的少年隊，與同期的安田理大和家長昭博成為隊友，但無奈最終未能晉身球隊的青年軍[9]。高中時期，本田來到石川縣的星稜高校就讀，並加入學校足球隊[10]，首年代表球隊參加日本全國青年錦標賽（日语：高円宮杯全日本ユースサッカー選手権 (U-18)大会）就取得了亞軍。
在星稜的第三年，校隊打入了第83届全国高校选手权（日语：第83回全国高等学校サッカー選手権大会）半決賽[10]，本田在賽場上的的表現也得到日本足協及聯賽方面的賞識。2004年，本田被挑選為「日職聯賽特別指定選手」，被安排到名古屋鯨魚足球俱樂部接受訓練，期間曾以高中生身份替球隊在日本聯賽杯的比賽中登場一場。
2005年，本田高中畢業[10]，幾家聯賽球隊與其接洽。本田圭佑最早在大阪飛腳青訓營接受訓練，不過他當時的表現並沒有得到球隊的認可，因此他沒能與球隊簽約。他最終選擇了與名古屋鯨魚簽約。一年之後成為球隊的主力中場。兩個半賽季中他共為球隊出場90次，打進11個進球。
芬洛
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本田圭佑在名古屋鯨魚度過三個賽季，其表現也受到球隊一名前荷蘭籍教練Sef Vergoossen留意，在他推薦下，本田終在2008年1月與荷甲聯賽球隊芬洛足球俱樂部簽約[11]，不過他的加盟並沒有幫助芬洛成功保級。
2007-2008年賽季結束後，芬洛降級荷蘭足球乙級聯賽。不過經過了半個賽季的適應，本田圭佑徹底適應了新環境，他再一次展現出自己堅韌的性格。在荷乙的2008-2009年賽季，本田圭佑成為了芬洛的進攻核心，他在36場比賽中打進16球，送出14個助攻，帶領芬洛以荷乙冠軍的身份重返荷甲。也是從那個賽季開始，本田圭佑開始了踢法上的轉型。賽季結束後，芬洛以較大優勢獲得了該賽季荷乙聯賽冠軍，本田圭佑也被評為賽季荷乙聯賽最佳球員[4]。
2009-10賽季，重回荷甲的本田圭佑繼續保持著巔峰狀態，首輪他就一傳一射幫助芬洛逼平了PSV燕豪芬。在賽季前五輪比賽中，本田圭佑均有進球或助攻，帶領芬洛拿到了開局五連平。火爆的狀態讓本田圭佑深受芬洛球迷喜愛，他們稱他為「圭佑大帝」[11]。
莫斯科中央陸軍
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2009年夏季，包括飛燕諾、PSV燕豪芬及阿積士等多家荷蘭前列俱樂部均表示渴望本田來投，然而各方並無進一步行動。[12]
直至2009年12月，俄超勁旅莫斯科中央陸軍正式和芬洛接洽[13]，並於月底完成交易，轉會費達九百萬歐元，合約期為四年[14]。抵達新球隊後，本田在2010年2月24日首次為球隊作賽，在一場對西甲球隊塞維利亞的2009–10年賽季歐洲冠軍聯賽八分之一決賽首回合賽事中以首發上場[15]。2010年3月13日，俄超2010年賽季首轮比赛本田就打入一球，帮助球队以1-0的比分胜出[16]。3月16日，球隊作客挑戰塞維利亞，本田不單協助隊友攻入首球，更在球賽第五十五分鍾離門三十米主射任意球得分，帶領球隊以二比一戰勝對手，使球隊順利進入八強[17]。
2011年8月28日，在一場聯賽與莫斯科斯巴達的莫斯科德比中，本田因右膝半月板損傷中途退賽，賽後中央陸軍宣佈本田將接受切除部分半月板手術，並傷停3個月。11月18日，本田時隔兩個半月重新回到聯賽，在比賽中首發出場並打滿90分鐘。但在本場賽後，本田的傷病再度復發。
2012年2月21日，本田圭佑正式復出，在歐冠決賽圈16強賽第一輪對陣皇家馬德里的下半場比賽中替補上場。3月14日第二輪比賽，本田又因左腿受磕碰疼痛缺席。5月13日，俄超聯賽球隊客場對戰喀山魯賓，本田傷愈後首發出場並在上半場第45分鐘打入其自右膝半月板受傷後的首粒進球。
2013年7月14日，俄羅斯超級杯決賽中央陸軍對陣澤尼特，本田圭佑梅開二度，在第15分鐘和第83分鐘各攻入一球，最終莫斯科中央陸軍以3-0的比分戰勝對手並獲得該賽季俄超杯冠軍。
AC米蘭
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因與莫斯科中央陸軍的合同在2013年底到期，本田圭佑以自由身份加盟意甲聯賽球隊AC米蘭。
2014年1月12日，2013-14賽季意甲聯賽第19輪，本田圭佑替補首秀。1月16日，意大利杯八分之一決賽，AC米蘭主場迎戰意乙球隊斯佩齊亞，蒙托利沃左側距門25米處大力低射造成尼古拉·萊亞利脫手，本田圭佑跟進左腳半凌空推射入網，打進他在AC米蘭的首球。4月7日，AC米蘭客場迎戰熱那亞，本田圭佑踢進了他在意甲聯賽中的首球。4月11日，米蘭官網宣佈本田在訓練中左腳腳踝扭傷。
2014-15年賽季，本田圭佑首戰取得勝利，比賽第8分鐘本田距門8米處右腳勁射破門。之後本田又在聯賽第2輪、第4輪、第6輪各打入一粒進球。10月19日，意甲第7輪AC米蘭客場挑戰維羅納，本田圭佑作為右邊鋒首發上場。上半場27分鐘，本田在門前接到前鋒沙拉維的傳球將球踢進。下半場11分鐘，本田梅開二度再次破門得分，在本賽季的前7輪比賽中成就了他的6個進球以及2次助攻。
2015年2月14日，AC米蘭對陣熱那亞，比賽進行至第64分鐘時，本田在距離球門35米開帶球後外拔腳破門，皮球穿越禁區並在門將面前彈地後進入球門，這是本田在2015-16賽季意甲聯賽打入的第一個進球。
2017年5月21日，AC米蘭主場迎戰博洛尼亞，本田在比賽第57分鐘替補登場並在第73分鐘功入一粒禁區前沿的直接任意球。賽後本田在個人社交網站宣佈賽季結束後離隊。5月28日，2016-17年賽季意甲聯賽最後一輪，AC米蘭客場挑戰卡利亞里，本田佩戴隊長袖標正式告別米蘭生涯。
帕丘卡
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2017年7月14日，本田圭佑於個人社交網站宣佈與墨超球隊帕丘卡足球俱樂部簽訂一年合約。8月22日，本田圭佑在墨超聯賽第6輪對陣華拿古斯的比賽中完成球隊首秀，並在比賽第72分鐘取得進球。10月25日，在墨西哥杯淘汰賽第1輪比賽中上演轉會球隊後的首次梅開二度。12月9日，首次參加國際足聯俱樂部世界杯，在半決賽與維達德的比賽中首發出場並幫助球隊取勝。
2018年4月19日，本田圭佑拒絕了球隊的續約，並且將於賽季結束後離開帕丘卡，他代表球隊出戰32場賽事，共攻入10球。
墨爾本勝利
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2018年8月6日，墨爾本勝利官方宣佈日本球星本田圭佑自由轉會加盟球隊。10月20日，本田圭佑在墨爾本勝利主場1-2輸給墨爾本城的比賽中上演了澳職聯賽首秀，他在比賽中取得了進球[18]。
效力墨爾本勝利的日本球星本田圭佑確認，他將在2019年賽季結束後離隊。2019年5月21日，墨爾本勝利在官網上宣佈，22日晚亞冠小組賽對陣廣島三箭的比賽將是本田圭佑代表球隊的最後一場比賽。
維特斯
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2019年10月下旬與昔日於莫斯科中央陸軍時期的主帥Leonid Slutsky（荷兰语：Leonid Slutsky）目前所帶領的荷甲球隊維特斯一同參與訓練。
荷甲球隊維特斯官方宣佈和日本球員本田圭佑簽約，合同期到賽季結束[7]。
11月25日，日本球星本田圭佑在維特斯0-2不敵鹿特丹斯巴達的比賽中上演荷甲首秀，踢了81分鐘。
荷甲球隊維特斯官方宣佈，加盟僅6週的日本球星本田圭佑離隊[19]。
博塔弗戈
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在談妥薪資條款之後，日本球星本田圭佑正式加盟巴甲豪門博塔弗戈，成為球隊在2020賽季的第12位新援。
2020年3月16日凌晨，里約州聯賽小組賽第3輪博塔弗戈主場1-1戰平班古，本場比賽本田圭佑為主隊攻入一球。[20]
巴甲聯賽第15輪博塔弗戈客場2-1小勝累西腓體育，本田圭佑在第29分鐘打入自己的巴甲首球。
據日媒表示，本田圭佑已於昨日正式與加盟近一年的博塔弗戈解約。報道稱，他本人仍在尋找新的世界，其中葡超的球隊波蒂莫嫩塞向本田提出了報價，雙方正在談判中。
波蒂莫嫩塞
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當地時間2月6日，本田圭佑正式以自由轉會的方式，加盟葡超球隊波蒂莫嫩塞。[21]
本田圭佑加盟球隊5天後又恢復了自由身，解約原因是無法為本田圭佑完成本賽季的註冊。本田圭佑在冬窗後才自由加盟球隊，但葡萄牙足協只認2020年10月前的自由身球員，而本田2021年1月1日才離開博塔弗戈，所以他無法註冊，只能選擇解約。[22]
尼菲治巴庫
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本田圭佑以免費自由轉會的方式，來到阿塞拜疆的球隊效力，週一剛剛和阿塞拜疆超級聯賽球隊尼菲治巴庫簽下合同，已經是他職業足球生涯的第10個國家效力，他與球隊簽約到本賽季結束。[23]
本田圭佑迎來加盟尼菲治巴庫後的首秀，但球隊最終0-2不敵薩姆加耶特，本田遺憾未能取得首秀的首場勝利。
上一輪3:0大勝克斯拉的比賽中，本田圭佑同樣打進一球。
本田圭佑在尼菲治巴庫對陣沙巴爾的比賽中打入一球，這也是本田圭佑本賽季在阿塞拜疆聯賽收穫的第二粒入球。
本田圭佑跟隨阿塞拜疆俱樂部尼菲治巴庫奪得阿塞拜疆足球超級聯賽冠軍，這是他時隔八年再次獲得頂級聯賽冠軍，本賽季本田圭佑為球隊出場7次打進2球。
阿塞拜疆俱樂部尼菲治巴庫官方，本田圭佑合同到期離隊。[24]
蘇度瓦
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2021年9月15日，日本前國腳本田圭佑在個人社交平台上宣佈加盟立陶宛足球超級聯賽球會蘇杜瓦足球俱樂部。
立陶宛足球超級聯賽第30輪，蘇杜瓦4-0邦加，本田圭佑完成首秀並在比賽中打進首球。